Основные задачи Украинской противочумной станции:

• предоставление практической, методической и консультативной помощи учреждениям здравоохранения Украины по санитарной охране территории от заноса и распространения особо опасных инфекций на территории Украины;
• выполнение функции Центра индикации и идентификации биологических патогенных агентов бактериальной этиологии (патогенных вибрионов, в т.ч. холерных, а также  легионелл, лептоспир);
• выполнение функции референс-лаборатории по диагностике и идентификации холерных и других патогенных вибрионов;
• выполнение функции Национальной коллекции штаммов возбудителей холеры О1 и не О1;
• выполнение функции базовой лабораторий по диагностике птичьего гриппа;
• анализ и обобщениe материалов эпидемиологического надзора за особо опасными и природно-очаговыми инфекциями;
• участие в разработке законодательных, ведомственных нормативных актов, инструктивно-методических указаний по санитарной охране территории, профилактике особо опасных инфекций;
• создание бригад быстрого реагирования и предоставление практической помощи органам здравоохранения Украины в ликвидации очагов особо опасных инфекций;
• проведение лабораторной диагностики заболеваний, вызванных бактериями 1-2 группы патогенности, идентификации возбудителей и переносчиков и др.